第三方倉儲管理要求管理者非常精細化的操作，每一個作業環節都需要持續優化，這對于許多倉儲物流企業而言是一個難點。
因此，首先需要專業的人才來管理倉庫。
第二，需要專業的物流設備、計算機系統等來實現高效、準確的物流作業。目前，很多企業僅有少部分倉庫使用了高位貨架以及自動化分揀系統，這就需要管理層加大投入穿梭式貨架、機器人分揀系統等自動化設備來增加倉儲容量，提高分揀效率以及準確性。在計算機系統方面，則主要是WMS的構建與整合。在系統客戶端上，通過wms系統可以直接查詢到貨物的運輸信息，從而實現從倉到配整個鏈條的透明可視化。
 第三，在第三方倉儲業務開拓過程中，如何高效率地打包等作業也是面臨的挑戰之一。為了盡快提高倉儲管理能力，需要企業對員工著重培訓，使其具備適應現代物流的高素質能力，并形成作業標準提升效率和準確率。