承接上文，許多大型企業都采用自動化立體倉庫的方案來做倉儲管理，但是自動化立體倉庫并不是完美無缺的，自動化立體倉庫的同樣存在缺點。
1、自動化立體倉庫的結構比較復雜，配套設備比較多，所以需要的基建和設備的投資也比較大。
2、貨架安裝精度要求高，施工工期相應較長。
3、存儲彈性小，高峰期需求量暴增，難以應付。
4、對可存儲的貨物品種有一定限制，需要單獨設立存儲系統用于存放長、大、笨重的貨物以及要求特殊保管條件的貨物。
5、對建庫前的工藝設計要求高，建設時工藝要嚴格把關。
6、過度依賴自動化也會有很大的風險，比如當意外停電或系統紊亂時反應會變慢。