供應鏈庫存管理不是簡單的需求預測與補給，而是要通過庫存管理改善客戶服務，提高收益水平。供應鏈庫存管理內容主要包括：采用商業建模技術對企業的庫存策略、提前期和運輸變化的準確度進行評價;測算存貨經濟訂貨量時，考慮對供應鏈企業的影響;充分了解庫存狀態，確定適當的服務水平。目前，供應鏈管理下的庫存管理存在的問題主要集中在信息、供應鏈運作、供應鏈的戰略與規劃三方面。這些問題表現為以下方面內容：
(一)未形成供應鏈管理要求的整體觀念許多供應鏈管理系統沒有針對全局的供應鏈績效評價指標，各節點企業各行其道，導致供應鏈的整體效率低下。
(二)信息傳遞系統效率低下供應鏈庫存管理強調協作和信息共享，供應鏈各成員企業的需求預測、庫存狀態、生產計劃等，都是供應鏈庫存管理的重要內容。企業要對客戶需求作出快速有效的反應，必須實時準確掌握分布在供應鏈各成員企業的信息。目前，許多企業的信息傳遞系統尚未建立，供應商了解到的客戶需求信息常常是延遲的或不準確的，使短期生產計劃實施困難。因此，應建立高效的信息傳遞系統，有效傳遞供應鏈庫存管理信息，提高供應鏈庫存管理績效。
(三)供應鏈存在不確定性供應鏈庫存的形成原因可分為兩類，一類是出于生產運作需要建立的一般庫存，另一類則是為防范供應鏈上的不確定因素建立的保險庫存。企業在制定庫存計劃時，無法顧及不確定因素的影響，如市場變化而引起的需求波動、供應商的意外變故導致的缺貨、企業內突發事件引起的生產中斷等，都會對庫存產生影響。不確定因素是企業建立保險庫存的主要原因。研究和追蹤不確定性對庫存的影響，是供應鏈庫存管理面臨的一大挑戰。
(四)缺乏合作與協調性供應鏈上各成員企業是一個整體，需要各成員企業的協調合作才能取得最佳的運作效果。但企業間如果缺乏相互信任，就會增加企業間協調與合作的困難。企業間缺乏相互信任，是供應鏈企業之間合作關系不穩固的根本原因。因此，需要在各成員企業之間建立有效的監督機制和激勵機制，促進企業間的溝通與合作。與建立企業內部針對各部門的監督機制和激勵機制相比，建立企業間的監督機制和激勵機制困難要大得多。
(五)產品設計未考慮供應鏈庫存成本的影響現代制造技術使企業的產品生產效率大幅度提高，毛利率較高。但是，供應鏈庫存的復雜性常常被忽略，使產品生產過程中節省下來的成本都被供應鏈上的分銷與庫存成本抵消。同時，在供應鏈結構設計中，需要考慮庫存成本的影響。